Premena pôvodného účelu budovy vyplynula z potreby záchrany množstva detí – sirôt po veľkej epidémii cholery v Uhorsku v roku 1831.
Druhou výraznou zmenou, ktorá ovplyvnila taktiež vzhľad kostola, bol ničivý požiar v celom centre Žiliny v roku 1886. Pôvodné cibuľové tvary striech veží zhoreli. Boli nahradené novými strechami ihlanovitého tvaru, ako ich poznáme dnes.